A história do FOPROP começa quando o professor José Raymundo Martins Romeo, reitor da UFF e presidente do Conselho de Reitores das Universidades Brasileiras -CRUB, lançou a proposta da criação de uma “Câmara de Pesquisa e Pós-graduação” que permitisse uma melhor interação entre os pró-reitores da área e aquele Conselho e desse com os órgãos financiadores da pesquisa e da pós-graduação. O professor Joaquim Cardoso Lemos, que na época integrava uma comissão que cuidava dos assuntos da pós-graduação assumiu essa atividade de representação. Simultaneamente, passou a buscar o apoio de outros pró-reitores para essa iniciativa. Decidiram então envolver outras universidades e, para tal, realizar uma reunião na UFF com a participação dos pró-reitores de pesquisa e pós-graduação que pudessem ser reunidos. A idéia tomou corpo e a reunião foi realizada, sem qualquer formalidade e com a participação de 51 pessoas. Foram discutidos planos e dificuldades e a necessidade de união em torno dos objetivos comuns. Esta reunião, realizada em Niterói entre os dias 20 e 22 de março de 1985, passou a ser considerada o primeiro Encontro Nacional de Pró-reitores de Pesquisa e Pós-graduação das Instituições de Ensino Superior Brasileiras (chamado, à época, de ENPROPP) e selaria a fundação do que mais tarde viria a ser o Fórum Nacional de Pró-reitores de Pesquisa e Pós-graduação das Instituições de Ensino Superior Brasileiras (FOPROP). No final do Encontro foi alcançado o consenso de que se deveria realizar anualmente um encontro bem maior do que aquele, com a participação dos Pró-reitores das Universidades brasileiras federais, estaduais, comunitarias  e privadas, de modo a se ter um movimento forte em prol da pesquisa e pós-graduação nas IES.